Secara umum reaksi kimia yang terfasilitasi oleh bakteri ini adalah:
C2H5OH + O2 —> CH3COOH + H2O
Terdapat dua macam genus yang bakteri yang terkait dengan pembuatan asam cuka, yaitu bakteri dari genus Acetobacter dan bakteri dari genus Clostridium. Bakteri dari genus Acetobacter yang berperan dalam proses fermentasi aerob yaitu bakteri Acetobacter aceti. Acetobacter mempunyai enzim intraselular yang berhubungan dengan sistem bioksidasi yang mempergunakan sitokhrom sebagai katalisatornya. Sebagian besar bakteri dari Genus Acetobacter dapat digunakan sebagai starter dalam pembuatan asam cuka, kecuali bakteri dari jenis Acetobacter xylinum. sedangkan yang berperan dalam fermentasi anaerob yaitu bakteri dari genus Clostridium yaitu bekteri Clostridium thermocetium.